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秦莹莹长期致力于提高女性生殖健康与防治出生缺陷的基础与临床研究，取得了系列原创性成果，为临床精准诊疗提供科学依据。揭示早发性卵巢功能不全（POI）致病新机制，建立中国女性卵巢储备评估体系，创新卵泡体内、体外激活干预策略，开展高水平多中心临床研究，提供胚胎植入前非整倍体检测临床应用的循证医学I级证据。发表SCI论文近70篇。